S účinnosti od 29. 7. 2016 byla přijata právní úprava týkající se individuálního prominutí pokuty za nepodání kontrolního hlášení dle § 101k zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů. 

Tento pokyn se nevztahuje na prominutí jiných pokut, než pokut za nepodání kontrolního hlášení.

Žádost o prominutí pokuty za nepodání kontrolního hlášení podléhá správnímu poplatku 1.000 Kč podle přílohy zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů. Pokud nedojde k zaplacení poplatkové povinnosti spojené s přijetím žádosti o prominutí pokuty, správce daně, podle § 5 odst. 4 zákona o správních poplatcích řízení zastaví.

V souvislosti s kontrolním hlášením hrozí poplatníkům řada pokut.

1.000 Kč za pozdní podání hlášení bez vyzvání úřadu. Nyní je plátcům prominuta 1x ročně a není třeba podávat žádost o prominutí na finanční úřad.

10.000 Kč, pokud poplatník podá hlášení v náhradní lhůtě poté, co k tomu byl správcem daně vyzván.

30.000 Kč, pokud poplatník nepodá hlášení na základě výzvy ke změně, doplnění nebo potvrzení údajů uvedených v podaném kontrolním hlášení.

50.000 Kč, pokud poplatník nepodá kontrolní hlášení ani v náhradní lhůtě

Poplatník může dostat také pokutu 500.000 Kč v případě, že závažně ztěžuje nebo maří správu daní.

Dosud mohla finanční správa prominout pokuty jen v případě nepříznivého zdravotního stavu nebo živelní pohromy. Nyní bude u těchto sankcí k loňským hlášením možné žádat odpuštění až 2x, za rok 2017 to bude 1x. Plátce však musí jinak bezchybně plnit své povinnosti související s kontrolním hlášením.

Rovněž bude možné odpustit pokutu, pokud podnikatelé budou reagovat na výzvu podat nebo doplnit kontrolní hlášení se zpožděním maximálně pěti kalendářních dnů, doposud se jednalo o 5 pracovních dnů.

Zdroj:http://www.financnisprava.cz/assets/cs/prilohy/d-zakony/Pokyn_GFR_D-29_ve_zneni_Dodatku_c_1.pdf